Город Барнаул стоит в числе передовых городов по оказанию качественных медицинских услуг в Сибирском федеральном округе.
В рамках реализации государственной программы «Развитие здравоохранения в Алтайском крае» осуществляется управление развитием здравоохранения, совершенствование оказания медицинской помощи, контроль качества и безопасности медицинской деятельности по 6 основным направлениям. Неотъемлемой частью современной системы здравоохранения города является Медицинский кластер Алтайского края.
Система здравоохранения города Барнаула состоит из 230 лечебно-профилактических учреждений. Действуют 66 диагностических центров (краевых, городских, частных), 13 городских больниц, 2 родильных дома, 18 поликлиник, более 123 аптек. Коечный фонд муниципальных больниц составляет 6256 единиц. Работают травмпункты, женские консультации, станции переливания крови, психиатрические диспансеры.
Неотъемлемой частью современной системы здравоохранения города является Медицинский кластер Алтайского края. Ядро кластерного объединения, расположенное на территории уникального ленточного соснового бора, составляют шесть ведущих медицинских организаций региона: Алтайская краевая клиническая больница, Алтайский краевой онкологический диспансер, Барнаульская городская больница №5, Алтайский краевой госпиталь для ветеранов войн, Перинатальный центр «ДАР» и Федеральный Центр травматологии, ортопедии и эндопротезирования.
Ежегодно в лечебных учреждениях пролечивается 90 тысяч пациентов, почти 40% из них – жители села. Выполняется около пяти тысяч высокотехнологичных операций.